1945–1947 führen Gastdirigate Eugen Jochum mehrmals nach Bayern. Er leitet das erste Konzert der Münchner Philharmoniker nach dem Krieg und dirigiert erstmals die Bamberger Symphoniker.
Auf Initiative des damaligen Intendanten des Bayerischen Rundfunks, Rudolf von Scholtz, wird Eugen Jochum 1948 für die Gründung des Symphonieorchesters des Bayerischen Rundfunks zum Chefdirigenten berufen, der sich nun aus seiner Wahlheimat Hamburg nach 15 Jahren verabschiedet. Ausschlaggebend für den BR ist Jochums Erfahrung mit Rundfunkorchestern (wie dem der Berliner Funkstunde) und seine Aufbauarbeit bei der Fusion der beiden Hamburgischen Klangkörper. Ab Herbst 1948 befindet sich Jochum in Verhandlungen mit von Scholtz, am 22. April 1949 wird der Vertrag unterzeichnet. Zuvor war Eugen Jochum bereits für die Bayerische Staatsoper und die Münchner Philharmoniker im Gespräch.
Das Symphonieorchester des BR wird daraufhin unter Führung Jochums mit Musikerinnen und Musikern des schon bestehenden Rundfunkorchesters sowie ausgewählten Instrumentalisten aus ganz Deutschland besetzt. Zunächst ist das Verhältnis zu den anderen Münchner Orchestern, dem Orchester der Staatsoper und den Münchner Philharmonikern, eher angespannt. Sie fürchten durch die Neugründung Konkurrenz. Die finanziellen Möglichkeiten der städtischen Orchester sind zudem seit der Währungsreform 1948 drastisch eingeschränkt. Dagegen verfügt der BR dank der steuerfreien Rundfunkgebühren über eine geradezu luxuriöse finanzielle Ausstattung. Einzelne Musiker von Staatsorchester und Philharmonikern lassen sich durch den BR abwerben – auch weil der Arbeitsplatz im Funk damals wesentlich sicherer erscheint. Doch schnell können sich alle drei Orchester unter ihren Leitern Fritz Rieger (Philharmoniker), Georg Solti (Staatsoper) und Eugen Jochum (BRSO) in der Stadt etablieren.
Neben der Pflege des klassisch-romantischen Repertoires (und dabei v.a. der Werke Anton Bruckners, siehe Eugen Jochum als Bruckner-Interpret) widmet sich Eugen Jochum in seiner Zeit als Chefdirigent des BRSO auch intensiv der Pflege zeitgenössischer Musik. Wichtigstes Forum dafür ist die 1945 von Karl Amadeus Hartmann gegründete und seit 1948 vom BR betreute Konzertreihe musica viva. Jochum, der Komponisten wie Karl-Heinz Stockhausen oder Mauricio Kagel zwar eher ablehnend gegenüberstand, präsentiert in den von ihm geleiteten Konzerten der Reihe vornehmlich Vertreter der (ehemals verfemten) klassischen Moderne wie Strawinsky, Bartók und Hindemith sowie Komponisten mit Bezug zu München, wie z.B. Carl Orff, Werner Egk, Hans Pfitzner und Jan Koetsier. Hervorzuheben ist hier u.a. die Uraufführung von Carl Orffs Trionfi zur Eröffnung des wieder aufgebauten Herkulessaales der Münchner Residenz 1953.
Während seiner Tätigkeit für den Bayerischen Rundfunk gastiert Jochum darüber hinaus bei den wichtigsten Orchestern und Festivals weltweit, darunter 1953 erstmals bei den Bayreuther Festspielen (Tristan und Isolde). Mittlerweile ist er einer der international gefragtesten Dirigenten.